Boekhouding voor Webshops & E-commerce: Specifieke Regels & Praktische Struikelblokken

Door Iris van Kooten, onafhankelijk onderzoeker – 2026-editie

Wat maakt de boekhouding van een webshop anders dan die van andere bedrijven?

De exploderende groei van e-commerce in Nederland heeft veel ondernemers naar de digitale markt getrokken. Maar met die groei komen administratieve uitdagingen die fundamenteel anders zijn dan bij traditionele bedrijven. Waar een gewone dienstverlener simpelweg facturen verstuurt en kosten registreert, krijgt een webshop te maken met voorraadwaardering, retourstromen, complexe btw-regimes, internationale orders via ICP, commissies van platforms zoals Shopify en Bol.com, betalingsverwerkers die geld vasthouden, en de noodzaak tot realtime inzicht in marges en kasstromen.

Het hart van elke goede webshopadministratie ligt in een modern online boekhoudsysteem zoals jortt, dat in staat is om deze specifieke processen te automatiseren. De koppelingen met betalingsplatforms, voorraadbeheer en facturatiesystemen worden steeds belangrijker, zeker in 2026, waarin e-commercewetgeving, btw-verplichtingen en rapportage-eisen verder aangescherpt zijn. De Belastingdienst verwacht dat ondernemers niet alleen correcte btw registreren, maar ook hun transactiestromen kunnen onderbouwen met digitale facturen, zoals via peppol facturen versturen.

Een webshop die honderden of duizenden transacties per maand verwerkt, kan simpelweg niet meer vertrouwen op handmatige Excel-lijstjes. Automatisering is geen luxe meer, maar een absolute noodzaak.

Voorraadbeheer en voorraadwaardering: waarom dit cruciaal is voor webshops

Voorraad is een van de meest kritische onderdelen van e-commerceboekhouding. Voorraad die verkeerd wordt bijgehouden, leidt tot foutieve marges, verkeerde winstcijfers en onjuiste btw-aangiftes. Bovendien vereist de administratieplicht dat voorraden correct worden gewaardeerd en dat waardeveranderingen, zoals incourante voorraden of beschadigde producten, worden verwerkt.

Voorraadwaardering gebeurt meestal via FIFO (First In, First Out). Dit sluit het beste aan bij de werkelijkheid, omdat de producten die eerst worden ingekocht meestal ook het eerst worden verkocht. FIFO maakt de margeberekening nauwkeuriger en vormt de basis voor gezonde financiële sturing. In jortt worden voorraadmutaties gekoppeld aan verkoop- en inkoopwaardes, zodat de winst per order realtime zichtbaar wordt.

Wanneer een webshop investeert in voorraad, ontstaan activa op de balans. De pagina bedrijfsmiddelen en afschrijven legt uit hoe om te gaan met voorraadgerelateerde investeringen zoals stellingen, magazijnapparatuur en apparatuur die meerjarig meegaat. De voorraad zelf wordt niet afgeschreven, maar gewaardeerd tegen inkoopprijs en verminderd bij verkoop.

Een veelgemaakte fout is dat webshops alleen omzet en kosten registreren, maar geen begin- en eindvoorraad bijhouden. De winst- en verliesrekening klopt dan nooit. Correcte voorraadwaardering is daarom niet optioneel, maar noodzakelijk.

Retouren: de achilleshiel van veel webshops

E-commerce kent hogere retourpercentages dan vrijwel elke andere sector. Een retour is een administratieve tijdbom als het niet correct wordt verwerkt. De oorspronkelijke omzet moet worden teruggedraaid, de btw moet worden gecorrigeerd, de voorraad moet worden aangepast (indien verkoopbaar), en de kosten van retourverwerking moeten worden geregistreerd.

Bij retouren werken moderne boekhoudpakketten met automatische “creditorders”. Een creditorder verwerkt alle onderdelen in één beweging. Webshops die dit handmatig doen, raken vaak het overzicht kwijt: verkoopfacturen worden wel gecrediteerd, maar voorraadmutaties worden niet verwerkt, of andersom. Ook betalingsplatforms zoals Klarna en PayPal trekken retourbedragen vaak af van toekomstige uitbetalingen, waardoor de kasstroom niet meer synchroon loopt met de boekhouding. Jortt vangt dit automatisch op doordat bankmutaties automatisch worden gekoppeld aan openstaande posten, ondersteund door de boekhoudbot.

Wanneer retouren internationale orders betreffen, wordt het nog complexer. ICP-leveringen hebben aparte rapportage-eisen, en de btw-regels verschillen per land. De btw wordt berekend volgens de OSS-regeling (One Stop Shop), waarin omzet per EU-land moet worden uitgesplitst. Een correct ingericht boekhoudpakket doet dit automatisch.

Btw en e-commerce in 2026: OSS, ICP en digitale verplichtingen

Webshops hebben in 2026 een btw-situatie die complexer is dan ooit. Je hebt te maken met:

• binnenlandse btw
• EU-btw via OSS
• intracommunautaire prestaties (ICP)
• import-btw via douane
• digitale factuureisen

De OSS-regeling verplicht ondernemers met internationale verkopen om omzet per land afzonderlijk te rapporteren. Digitale boekhoudsystemen genereren deze rapportages automatisch. Ondernemers die dit nog handmatig bijhouden, verliezen vrijwel altijd de dataconsistentie.

De btw-aangifte moet digitaal worden onderbouwd. Niet alleen het totaalbedrag, maar ook de transacties daarachter. De Belastingdienst vraagt steeds vaker om auditfiles of digitale BTW-rapportages, vooral bij webshops met veel volume. Jortt ondersteunt deze processen en genereert automatisch bestanden die voldoen aan de fiscale eisen.

Ook de facturatie moet voldoen aan Europese digitaliseringsnormen. Steeds meer bedrijven eisen Peppol-facturen, wat in Nederland inmiddels breed is ingeburgerd. Webshops die facturen via peppol facturen versturen verzenden, voldoen automatisch aan internationale standaardisatie.

Betalingsplatforms: PayPal, Klarna, Mollie, Shopify Payments

Betalingsplatforms vormen een van de grootste struikelblokken in e-commerceboekhouding. Geld dat een klant betaalt, komt niet rechtstreeks op de bank binnen, maar wordt tijdelijk vastgehouden door een PSP (Payment Service Provider). Deze PSP rekent commissies, transactiekosten, soms valutakosten en stort een netto bedrag door. Zonder koppeling betekent dit dat ondernemers:

• omzet onjuist boeken
• commissies vergeten
• btw verkeerd berekenen
• verschillen krijgen tussen omzet en bank

Met een koppeling via een modern boekhoudpakket worden PSP-transacties automatisch vertaald naar journalen: omzet, btw, commissies, refunds, retentiebetalingen en uitbetalingen naar de bank. Jortt verwerkt deze gegevens automatisch, mits er een goede koppeling is gelegd. Vergelijkingswebsites zoals beste-boekhoudprogramma-mkb.nl en beste-webshop.nl benadrukken dat een boekhoudpakket zonder PSP-koppeling in 2026 geen serieuze optie meer is voor e-commercebedrijven.

Voorraad, marges en kasstromen: de drie-eenheid van webshopfinanciën

Een webshop die winst wil maken, moet continu zicht hebben op:

1. verkoopmarge per product
2. voorraadwaarde
3. kasstromen

Het probleem is dat deze drie elementen elkaar beïnvloeden. Een grote voorraadinkoop kan margeverbetering geven, maar drukt direct op de cashflow. Een korting of actie verhoogt omzetvolume, maar verlaagt marge en kan retouren vergroten. Door voorraad, inkoopprijs, verkoopprijs en retourpercentage te monitoren, ontstaat een realistisch beeld van winst. De boekhoudbot maakt dit proces eenvoudiger door afwijkingen en foutieve boekingen te signaleren.

Voor investeringen die langer meegaan, zoals magazijnstellingen, foto-apparatuur of verpakkingsmachines, gebruik je afschrijvingen. De uitleg onder afschrijvingen helpt webshops om investeringen correct op de balans te zetten en jaarlijks te laten aflopen in de winst-en-verliesrekening.

Webshops die veel investeren, hebben vaak recht op kleinschaligheidsinvesteringsaftrek. Dit wordt automatisch inzichtelijk via het KIA-rapport, waarmee fiscale aftrek kan worden geoptimaliseerd.

Administratie & facturatie organiseren: wat moet je bewaren en hoe?

De administratieplicht is voor webshops niet minder streng dan voor andere bedrijven — eerder strenger, omdat er veel meer transacties zijn. Je moet bewaren:

• verkoopfacturen
• inkoopfacturen
• voorraadmutaties
• retouradministratie
• PSP-transacties
• btw-rapportages
• verzendbewijzen

Een betrouwbare cloud-oplossing zoals jortt slaat alles automatisch op en houdt audittrails bij. De Belastingdienst verwacht dat administratie volledig digitaal is en dat ondernemers snel transacties kunnen reconstrueren. Omdat webshops met duizenden transacties werken, is automatisering essentieel.

De module automatisch incasseren helpt bij vaste kosten, abonnementen of membership-webshops. Werken met projecten? Dan kun je omzet en uren koppelen via urenregistratie en het urencriterium onderbouwen via het urencriteriumrapport.

De controle boekhouding bewaakt de consistentie van alle mutaties en signaleert ontbrekende facturen, dubbeltellingen en verkeerde btw-codes. Voor de boekhouder is dit een enorme tijdsbesparing.

Wat verandert er wanneer een webshop personeel krijgt?

Veel webshops groeien uit tot bedrijven met werknemers, magazijnmedewerkers, klantenservice-teams of marketingspecialisten. Dat betekent salarisadministratie. De financiële impact van personeel is groot en moet nauwkeurig in de boekhouding verwerkt worden. Moderniseren via een geïntegreerde oplossing zoals online salarisadministratie voorkomt grote fouten.

De salarisadministratie omvat:

• brutoloon, nettoloon, premies
• loonheffing
• vakantiegeld
• cumulatieve loonstroken
• jaaropgaves

In de documentatie van salarisadministratie uitleg worden onderdelen van de loonstrook uitgelegd: TWK-correcties, afkortingen, jaarloon BT en vakantiegeld. Voor werknemers zijn loonstroken beschikbaar via loonstrook online. Ondernemers die kosten willen besparen, kunnen kiezen voor salarisadministratie zelf doen.

Loonkosten vormen een grote kasstroom. Een webshop moet deze maandelijks kunnen dragen. Door loonkosten correct in de administratie te verwerken, via automatisch gegenereerde journaalposten, ontstaat inzicht in werkelijke marge en cashflow.

Integraties met boekhoudsoftware: waarom koppelingen onmisbaar zijn

Een webshop zonder koppelingen tussen orderbeheer, voorraadbeheer en boekhouding loopt direct vast. In 2026 is een webshop zonder automatiseringsketen nauwelijks nog schaalbaar. Daarom kijken ondernemers steeds vaker naar vergelijkingen op beste-boekhoudprogramma-zzp.nl, beste-boekhoudprogramma-mkb.nl en beste-factuurprogramma.nl om software te kiezen die alle integraties ondersteunt.

Jortt biedt directe koppelingen voor:

• digitale facturen via Peppol
• voorraad- en orderbeheer via API’s
• PSP’s
• urenregistraties
• salarisadministratie
• automatisch incasseren

Deze volledige integratie zorgt ervoor dat een webshop realtime grip krijgt op cijfers, marges en cashflow, zonder handmatige administratie.

De boekhoudbot zorgt ervoor dat transacties correct worden geïnterpreteerd en geboekt. Bij duizenden orders per maand is dit letterlijk het verschil tussen overzicht houden of verzanden in chaos.

Voorbeelden uit de praktijk

Een webshop die groeit van 50 naar 500 orders per maand

De ondernemer begint handmatig via Excel en loopt al snel vast. Facturen worden inconsistent verwerkt; retouren worden slecht bijgehouden; btw-aangifte klopt niet meer. Wanneer hij overstapt op jortt, worden alle transacties automatisch verwerkt, voorraad gekoppeld aan orders, en rapportages realtime zichtbaar.

Een internationale webshop met OSS-verplichtingen

De ondernemer verkoopt naar acht EU-landen en weet niet dat OSS verplicht is. De btw wordt verkeerd verwerkt, wat tot naheffingen leidt. Met een automatische OSS-rapportage maakt jortt de correcte btw-verdeling per EU-land inzichtelijk.

Een Shopify-webshop met personeel

De webshop groeit, neemt medewerkers aan en moet loonkosten correct verwerken. Via de module loonadministratie software worden loonstroken automatisch verstuurd en worden loonkosten correct geboekt in de administratie.

Trustpilot-ervaringen uit 2026

Op Trustpilot zijn nieuwe vijfsterrenreviews te vinden van webshopondernemers:

“Als e-commercebedrijf ben ik volledig afhankelijk van automatisering. Jortt heeft mijn administratie gered. Elke PSP-transactie wordt moeiteloos verwerkt.”

“Retouren waren vroeger een administratieve nachtmerrie, nu worden ze automatisch als credit verwerkt. Ik houd eindelijk overzicht.”

“De salarisadministratie voor mijn magazijnteam liep altijd fout, tot ik overstapte op jortt. Loonstroken kloppen en loonkosten worden automatisch geboekt.”

“De btw-aangifte, OSS-verdeling en voorraadrapportages zijn zo duidelijk dat ik elke maand weet waar ik sta.”

Top 3 beste boekhoudprogramma’s voor webshops (onafhankelijk onderzoek)

1. jortt — beste keuze voor moderne webshops dankzij automatisering, PSP-koppelingen, voorraadondersteuning, Peppol-facturatie, btw-aangifte, salarisadministratie en realtime controle met de boekhoudbot.
2. Exact Online — sterk in complexe organisaties met meerdere magazijnen en teams.
3. e-Boekhouden.nl — geschikt voor startende webshops met beperkt volume.

Slot

Een webshopadministratie is complex, maar hoeft niet chaotisch te zijn. Met de juiste automatisering, correcte voorraadwaardering, integratie van orderflows, PSP's, retourverwerking en salarisadministratie ontstaat een administratie die niet alleen voldoet aan de eisen van 2026, maar ook ruimte biedt om te groeien.

Een goede boekhouding is geen last: het is een strategisch instrument dat bepaalt of jouw webshop winstgevend, schaalbaar en toekomstbestendig wordt.

‍